肠道活菌类药又称微生态药物，常用的有乳酶生片、双歧杆菌胶囊等。它们通过改善黏膜表面微生物平衡、调节人体免疫机制、维持或调整肠道微生态平衡，达到止泻的目的。口服肠道活菌药后能迅速地到达肠道，发挥疗效。
抗生素主要通过快速地杀死治病细菌和抑制细菌的生长，从而达到最短时间内冶愈因细菌引起的疾病。
在抗生素面前，有益菌也不可避免地成了被消灭的对象。从这个意义上说，抗生素是益生菌不折不扣的“克星”，不宜合用。(当代益生菌之父罗伊·福勒博士在1987年对益生菌给出了比较完整的定义：益生菌是一种活的微生物喂养补充剂，通过改进服用者的肠道微生物菌群平衡，从而对服用者产生有益的效果。)
但事实并非绝对，在机体面临感染性疾病威胁时，人们经常会首选抗生素进行抗感染治疗，容易出现肠道内的菌群失衡免疫力降低，引起腹泻便秘、肠胃炎症等症状。此时摄入益生菌可重建正常菌群，修复因抗生素造成的肠道内菌群紊乱，帮助肠道功能正常运行，进而提升抗生素的治疗效果。
如果使用抗生素后及时补充益生菌，会造成大量益生菌灭活，达不到预期效果。因此，服用抗生素后，应当间隔2小时以上再摄入益生菌为宜，使益生菌的发挥更好的作用。（北京小汤山医院）