5月31日，国家食品药品监督管理总局发布《2016 年度药品检查报告》，报告显示，2016年总局共开展药品注册生产现场检查、药品 GMP 认证检查、药品 GMP 跟踪检查、飞行检查、进口药品境外生产现场检查、流通检查以及观察检查 434 项；并拟在 2017 年查 466 家药企。
飞检力度最大，中药问题最多
报告指出，2016 年总局共完成药品生产企业飞行检查 39 家次，包括 9 家生化药品生产企业、20 家中药生产企业、9 家普通化学药品生产企业及 1 家血液制品生产企业，其中有14 家企业被收回药品 GMP 证书，10 家企业被立案调查，7 家企业的问题产品被责令召回。
食药监总局药化监管司司长丁建华在当天举行的新闻发布会上介绍，飞行检查是 2016年药品检查的一大亮点。
他说，过去发现药品风险后，往往是“着了火之后再去灭火”，伤害很可能已经造成。近年来，我们通过飞行检查的方式有针对性地开展药品检查，发现问题率很高，这样抓住了一个反面典型，就教育、警示了一批企业，让类似的药品风险不再扩大。
2016年总局部署在流通环节开展违法经营行为集中整治先后派出20个飞行检查组对30个省的 50 家药品批发企业进行飞行检查，对发现有违法违规行为的 38 家企业发出通告予以曝光，并要求省局严厉查处。
在对药品生产企业飞行检查中，中药和生化药品发现的问题较多。存在中成药生产企业擅自改变工艺和中药材、中药饮片物料管理混乱，部分人工牛黄企业不能按照药品 GMP 要求组织生产和供应商管理环节薄弱，中药饮片染色、增重等问题。总局已经依法依规对飞行检查中发现的问题进行了处理。
不仅如此，2016 年总局还重点对 2015 年度质量公告抽查不合格的 10 家企业、36 家（全国共 38 家）疫苗生产企业、25 家（全国共 26 家）血液制品生产企业、2015 年发告诫信的32 家企业进行了跟踪检查， 并对 67 家次高风险品种（如骨肽注射液、果糖二磷酸钠注射液、胞磷胆碱钠注射液等）进行了专项检查。
全年共完成跟踪检查 204 家次，较 2015 同比增长约 13%。不通过的企业有 12 家，发告诫信的企业有 58 家。在检查不通过的 12 家企业中，2015 年度抽验不合格的企业有 5 家，胞磷胆碱钠注射剂生产企业 2 家，骨肽注射剂生产企业 1 家。疫苗和血液生产企业检查结果全部通过。
进口药品境外检查，原料药被国际检查最多
2016 年度境外任务涉及 19 个国家，既涵盖发达国家又涉及发展中国家，同时增加了对南美洲和大洋洲检查力度。
2016 年共完成 15 个品种检查任务，3 个品种不通过，不通过率较往年有所提高。检查共发现缺陷 117 项，其中严重缺陷 3 项，主要缺陷 18 项。问题主要集中在质量控制与质量保证、物料系统、变更管理等方面；严重缺陷主要为生产工艺一致性以及数据可靠性等问题。对境外检查发现的问题都依法依规进行了处理。
2016 年还完成对国外监管机构或国际组织等在我国开展的药品 GMP 检查的观察工作 81家次，涉及企业 76 家，其中涉及原料药的检查共 62 家次，约占全部检查数的 69%，原料药占比依旧最大。观察检查涉及世界卫生组织（WHO）等 12 个国际组织或国外监管机构。其中9 家企业检查发现严重缺陷，数据可靠性问题较为突出。
2017 年检查计划 466 家药企
2017 年国家药品检查计划拟对 466 家药品生产企业进行检查，包括跟踪检查生产企业316 家、“双随机”检查各类生产企业 150 家。
检查重点为疫苗和血液制品生产企业、上一年度抽验发现不合格品种、不良反应监测发现的严重不良事件或预警事件品种的生产企业，各类检查不通过或被发放告诫信的企业、部分专项品种和风险信号集中的生产企业，以及针对不同风险级别和品种特点实施分层双随机
抽取的部分中药饮片，生化药，使用中药提取物的生产企业等。同时也会继续围绕药品生产、流通环节开展飞行检查。